2007/07/16に発生した中越沖地震の影響により、2007/07/16は【トワイライトエクスプレス】【日本海1-4】【きたぐに】【あけぼの】【北陸】【能登】【ムーンライトえちご】の各列車は運休となります。なお、信越本線青海川駅付近などにて土砂崩壊が発生していることから、【トワイライトエクスプレス】【日本海1-4】【きたぐに】【北陸】【能登】は2007/07/17も運休します。
【トワイライトエクスプレス】【日本海1-4】【きたぐに】【北陸】【能登】は2007/09/12まで運休致します。
なお、【急行あおもり】は運休しました。
2007/09/13出発の【トワイライトエクスプレス】【日本海1-4】【きたぐに】【北陸】【能登】から運行を再開します。
なお、寝台券・指定券の発売は2007/09/01の10時より再開しています。

2007年4月15日、新宿駅こ線橋架け替え工事が実施されます。夜行列車にも影響があります。
【快速ムーンライトえちご】2007/04/14の新潟発は池袋止まりとなり、池袋－新宿間は運休となります。

2007年4月8日、東海道本線大阪駅改良工事が実施されます。夜行列車にも影響があります。
【寝台特急富士・はやぶさ】2007/04/08の東京発は大阪駅を通らず貨物線経由で運転となり尼崎駅に停車します。
【寝台特急サンライズ瀬戸・サンライズ出雲】2007/04/08の高松発・出雲市発は大阪駅を通らず貨物線経由で運転となり尼崎駅に停車します。

2007年2月24日、山陽本線西条駅改良工事が実施されます。夜行列車にも影響があります。
【特急ドリームにちりん】2007/02/24の南宮崎発は津久見－大分間で時刻変更となります。
津久見3:03発、臼杵3:12発、大分3:45着となります。

2007年2月4日、山陽本線西条駅改良工事が実施されます。夜行列車にも影響があります。
【寝台特急なは・あかつき】2007/02/04の熊本発・長崎発は呉線経由で運転します。
福山より停車時刻が変更となり、福山5:30、倉敷6:04、岡山6:28、姫路7:59、三ノ宮8:56、大阪9:23、新大阪9:29、京都9:56となります。

2006年10月1日および2006年10月29日、山陽本線西条駅改良工事が実施されます。夜行列車にも影響があります。
【寝台特急なは・あかつき】2006/10/1および2006/10/29の熊本発・長崎発は呉線経由で運転します。
福山より停車時刻が変更となり、福山5:30、倉敷6:04、岡山6:21、姫路7:59、三ノ宮8:56、大阪9:23、新大阪9:30、京都9:56となります。

2006年9月23日から24日にかけて北陸本線・湖西線直流化事業に伴う電気設備切替工事に伴い夜行列車の運休・時刻変更が発生します。ご利用の方はご注意下さい。
【急行きたぐに】2006/09/23大阪発は運休となります。
【急行きたぐに91号】2006/09/23大阪発は運休に伴い大阪発19:37発で運行されます。金沢まで時刻変更があります。
【急行きたぐに】2006/09/23新潟発は武生から大阪まで時刻変更が発生し、大阪着は08:34となります。
【寝台特急日本海2号】2006/09/23青森発は福井から大阪まで時刻変更が発生し、大阪着は08:42となります。

2006年9月17日から18日にかけて東北本線長町駅付近高架切替工事に伴い夜行列車の運休・時刻変更が発生します。ご利用の方はご注意下さい。
【寝台特急北斗星1～4号】2006/09/17上野発、札幌発共に全区間運休となります。
【寝台特急カシオペア】2006/09/17上野発は発車時刻を1時間50分程繰り上げて運転となります。上野発14:30で盛岡から所定時刻で運転となります。

2006年7月13日羽越本線小岩川～あつみ温泉間にて土砂崩れが発生しました。この事故の影響により普通列車は鼠ヶ関～あつみ温泉間で、特急いなは号は村上～酒田間で列車は運休しております。なお、夜行列車の状況は下記の通りです。
【寝台特急日本海１～４号】は14日発より運休
【寝台特急トワイライトエクスプレス】は14日発より運休
【寝台特急あけぼの】は14日発は運休、15～17日は東北本線・北上線・奥羽本線経由の迂回運転
土砂の崩落が続いておりこの区間の運休は長期化が予想されます。なお、平行する国道7号線が復旧したことから7/16より運休区間にはバスによる代行輸送が行われています。ご利用の方はご注意下さい。

2006年8月9日16時より復旧致します。

2006年3月18日のダイヤ改正で廃止となった寝台特急出雲号の車両２両が2006年5月14日をもって閉館となる交通博物館の神田川沿い煉瓦上の高架線で展示されます。展示されるのはDD51ディーゼル機関車、オハネ25形客車、オハネフ25形客車の３両となっています。期間は4月29日～5月8日となります。なお、高架線上には入ることができませんので万世橋などからご覧下さい。神田川沿いの煉瓦のライトアップとあわせて美しい夜行列車の車体が浮かび上がると思われます。

2006年3月25日から26日にかけて姫路駅高架切替工事に伴い夜行列車の運休・時刻変更が発生します。ご利用の方はご注意下さい。
【寝台特急はやぶさ】2006/03/25東京発、熊本発共に全区間運休となります。
【寝台特急富士】2006/03/25東京発、大分発共に全区間運休となります。
【寝台特急サンライズ出雲】2006/03/25東京発は姫路以降時刻変更となり出雲市着13:26に変更となります。
【寝台特急サンライズ瀬戸】2006/03/25東京発は姫路以降時刻変更となり高松着10:55に変更となります。
【寝台特急なは】2006/03/25熊本発は姫路以降時刻変更となり京都着10:50に変更となります。
【寝台特急あかつき】2006/03/25長崎発は姫路以降時刻変更となり京都着10:50に変更となります。

今冬は日本海側を中心に大雪に見舞われております。大雪により亡くなられた方のご冥福をお祈り致します。また、大雪の被害に見舞われている方にはお見舞い申し上げます。この大雪に伴い、日本海側の在来線を中心に運休が多発しております。特に上越線の水上－宮内間では大雪に伴い運休が相次いでおります。そのため【寝台特急北陸】【急行能登】【快速ムーンライトえちご】の運休が多発しております。また、【急行きたぐに】【寝台急行シュプール】なども運休や運転区間変更などが行われております。これらの列車をご利用の方は当日の運転情報を確認してご利用下さい。

2005年12月25日羽越本線砂越～北余目間最上川鉄橋付近で「いなほ１４号」が強風によるものと思われる脱線事故がありました。亡くなられた方のご冥福をお祈り致します。なお、この事故の影響により2006年1月9日現在、事故発生時から【寝台特急日本海１～４号】【寝台特急トワイライトエクスプレス】【寝台特急あけぼの】の各列車が事故発生により運休しております。線路設備の復旧作業は2006年1月6日に完了しておりますが、事故原因の解明と対策が施されるまで事故現場の開通は行われないものと思われ、さらに時間がかかる見込みと思われます。これらの列車の迂回運転はないものと思われますので、復旧するまでの間にこれらの列車でご旅行をご検討の方は旅行を取りやめするか迂回経路を利用する必要があると思われます。ご注意下さい。
【追記】2006年1月19日の始発列車より運転再開します。復旧にあたり風速計の増設、防風柵を設置予定です。防風柵の設置は11月頃となる予定であり、それまでは徐行運転となります。そのため3分程度の遅れが見込まれています。