1998/12/04 ダイヤ改正において佐世保発着のさくらが廃止されます。佐世保発着さくら廃止に伴って、「さくら」号は東京－長崎間の列車のみとなり、東京－鳥栖間は東京－熊本を結ぶ「はやぶさ」号と併結されることになります。いままで連結されていたＡ寝台、食堂車は無くなり、Ｂ寝台個室「ソロ」がはやぶさ号に変わってさくら号に連結されます。東京－長崎間にはＢ寝台個室ソロが、はやぶさ号の東京－熊本間にはＡ寝台個室「シングルデラックス」が連結されます。併せて、東京－大分を結ぶ「富士」の個室車両連結位置が変更になります。
その他、山形新幹線が山形－新庄間延長されます。