【寝台特急あさかぜ号】1956/11/19に東京－博多間で運転を開始した日本で初めての寝台特急である「あさかぜ号」が廃止されることになりました。1968年10月1日改正から20系客車での運転となり個室等の多彩なサービスから動くホテルと形容されました。また、20系の青い車体から、寝台特急はブルートレインと呼ばれるようになります。その後、老朽化により20系客車が引退していきましたが、寝台車両には引き続きブルーの車体が採用されたこともあり、ブルートレインの元祖でもあります。1995/12/03の改正からは運転区間が縮小され東京－下関間の列車となって運転が継続されてきました。近年はお盆、年末年始などの多客期でも空席が目立っており、廃止に至ったと思われます。およそ49年間の活躍に終止符が打たれます。長い間、ご苦労様でした。

【寝台特急さくら】1957/10/01に「さちかぜ」として東京－長崎間の運転を始めます。1958/10/01には名前が変わり「平和」となります。そして1959/07/20にさらに名前を変え現在の名称「寝台特急さくら」が誕生しました。同時に20系客車での運転が始まります。1965/10/01には東京－佐世保間の列車も併結されるようになり長らくの間、東京－長崎・佐世保間の列車として親しまれてきました。しかし、時代が進むに従い役目を縮小が行われることになり、1998/12/04「寝台特急さくら」は東京－佐世保間を廃止し、東京－長崎間の列車となります。併せて東京－鳥栖間「寝台特急はやぶさ」との併結列車となりました。それからおよそ6年しかたっていませんが、夜行列車の役割は時代にマッチしたものとは言えず「寝台特急さくら」も今回の改正で廃止することとなりました。なお、1997/11/29のはやぶさ号の熊本－西鹿児島間短縮により、廃止時まで定期列車としては日本で最長距離をさくら号は走行しておりました。あさかぜに次いで長い期間活躍してきた寝台特急も時代には逆らえず、およそ48年間、「さくら」となっておよそ46年間その活躍に終止符を打ちます。ご苦労様でした。

【寝台特急はやぶさ】【寝台特急富士】東京－熊本間運転の「寝台特急はやぶさ号」と東京－大分間運転の「寝台特急富士号」は東京－門司間併結運転されることになりました。これにより東京から九州まで運行される列車は１往復のみとなります。ダイヤは東京18:03→熊本翌日11:48・大分翌日11:17、熊本16:00・大分16:48→東京09:58。

【いそかぜ】その他の話題ですが、小倉－益田間に運転されていた特急いそかぜ号も廃止されます。山陰線の同区間から特急が消滅します。

2004年10月16日のダイヤ改正において急行「だいせん」が廃止されることになりました。大阪－山陰を結ぶ夜行定期列車がなくなります。大阪と山陰を結ぶ列車は1947年6月21日改正にて大阪－大社間の準急列車として運転を開始し、この列車は1951年11月25日改正では福知山線経由の東京－大社間の急行列車「いずも」となる。その後、1964年10月1日改正で急行「しまね」として大阪－出雲市(大社)間に夜行急行列車が登場した。1965年10月1日には「しまね」は急行「おき」に名称を変更している。「だいせん」の登場は1958年10月1日に伯備線経由で京都－大社間で運転される。1968年10月1日改正で大阪－山陰間福知山線経由の列車に「だいせん」の名称が与えられ、大阪－出雲市(大社)間の夜行急行列車も「だいせん」となった。この列車には1等、2等の寝台車も連結していた。1973年10月改正では20系客車になる。1986年11月の改正から大阪－出雲市間の夜行1往復となり、寝台は14系、座席は12系となる。1999年10月02日ダイヤ改正にてＢ寝台の連結が廃止されディーゼルカーによる座席のみの夜行列車として大阪－米子間で活躍を続けましたが残念ながら今回の改正にて廃止されることになりました。

九州新幹線新八代－鹿児島中央(改正前、西鹿児島)間が2004年3月13日に開業致します。それに伴い八代－川内間は肥薩オレンジ鉄道に移管されます。この区間に走行している「なは」は熊本－西鹿児島間を廃止し新大阪－熊本間の列車となります。ダイヤは新大阪20:22→熊本7:10、熊本22:32→新大阪9:26(土曜・休日は9:24)。短縮に伴い鹿児島県発着の寝台特急の歴史に幕が閉じることになりました。1958年10月1日に「はやぶさ」号が寝台特急としてはじめて鹿児島に到達し約46年間、「なは」としては1968年10月1日(当時は昼行特急、1975年3月10日から寝台特急になる)から約36年間、鹿児島の地を走り続けた寝台特急も時代の波に逆らえず鹿児島県から消滅することとなりました。

東海道新幹線品川駅開業に伴い2003年10月1日にダイヤ改正が行われます。この改正に合わせ夜行列車関連では急行「ちくま」が臨時列車化され多客期のみの運転となります。この改正から小郡駅が新山口駅に改称し、のぞみ停車駅となります。東海道新幹線ではひかり中心からのぞみ中心のダイヤに修正されます。また、在来線でもマリンライナーに新型車両導入などダイヤ改正が行われます。加越がしらさぎに名称に統一されます。鳥取地区では高速化事業の完成により「スーパーまつかぜ」と新たな名称が与えられ増発されます。また、「いなば」が新型車両導入により「スーパーいなば」となり増発されます。特急「あいづ」「ホリデーあいづ」が快速化され「あいづライナー」となります。

2002年12月1日改正において昭和39(1964)年10月1日ダイヤ改正以来東北路を38年間走り続けた「はくつる」が東北新幹線八戸延伸に伴い廃止されることとなりました。上野－青森間東北本線を走り続けご苦労様でした。東北路の新たなる時代が到来致します。夜行列車関連では「アルプス」も廃止されます。なお東北新幹線盛岡－八戸延伸に伴い「北斗星」「カシオペア」はIGRいわて銀河鉄道・青い森鉄道を経由して走行されることになり運賃・料金が改定されます。上野－札幌間はB寝台利用でお一人様片道25,270円となります。

青森発2002年9月30日～2002年11月30日および上野発2002年10月1日～2002年11月30日の「あけぼの」に「レディースゴロンとシート」が導入されます。「ゴロンとシート」の女性専用版です。現行の女性専用車に変わり「レディースゴロンとシート」が導入されます。寝台には毛布、シーツ、枕、浴衣、スリッパ等のサービスがありません。そのかわり指定席特急料金で乗車できます。

なお、以後も設定は継続されました。

ゴロンとシート登場

青森発2002年1月15日～2002年4月25日および上野発2002年1月16日～2002年4月26日の「あけぼの」「はくつる」に「ゴロンとシート」が導入されます。「ゴロンとシート」は毛布、シーツ、枕、浴衣、スリッパ等のサービスをなくし指定席特急料金で乗車できます。（ゴロンとシートは混雑期を除き5月以降も継続されています。）

01/07/01 ダイヤ改正において昼行のおおぞら号が全て「スーパーおおぞら」号になります。それに伴い、札幌－釧路間の夜行列車は「まりも」号に変更されます。「まりも」号は01/06/30～01/09/30間の金曜・土曜日および01/07/19～01/08/18の毎日は札幌発は釧路－根室間延長運転されます（根室発は翌日）。また、01/06/30および01/07/06の札幌発（根室発は翌日）は「北斗星まりも」号として北斗星に使用される車両で運転されます。なお、根室延長運転の日は釧路－根室間は快速列車として運転されます。

根室行きの釧路－根室間は３号車が自由席、札幌行きの根室－釧路間は８号車が自由席となります。
SA1はロイヤル。B1はソロ。B2はデュエット。

2000/03/11 ダイヤ改正において佐世保発着のあかつき号が廃止されます。佐世保発着あかつき号廃止に伴って、「あかつき」号は京都－長崎間の列車のみとなり、京都－門司間は「彗星」号と併結されることになります。「あかつき」「彗星」併結に伴って、彗星号は新大阪発着から京都発着に変更されます。佐世保発着あかつき号に連結されていたＢ寝台個室「ソロ」は彗星号に連結されます。
札幌－稚内間を運行していた急行利尻が札幌－稚内間に特急スーパー宗谷号の登場と併せて特急利尻号に変更されます。
その他、山陽新幹線新大阪－博多間にひかりRail Starが登場し、最高速度285km/hで運転されます。また、東海道・山陽新幹線では食堂車の営業が無くなります。

1998/12/04 ダイヤ改正において佐世保発着のさくらが廃止されます。佐世保発着さくら廃止に伴って、「さくら」号は東京－長崎間の列車のみとなり、東京－鳥栖間は東京－熊本を結ぶ「はやぶさ」号と併結されることになります。いままで連結されていたＡ寝台、食堂車は無くなり、Ｂ寝台個室「ソロ」がはやぶさ号に変わってさくら号に連結されます。東京－長崎間にはＢ寝台個室ソロが、はやぶさ号の東京－熊本間にはＡ寝台個室「シングルデラックス」が連結されます。併せて、東京－大分を結ぶ「富士」の個室車両連結位置が変更になります。
その他、山形新幹線が山形－新庄間延長されます。