東海道新幹線品川駅開業に伴い2003年10月1日にダイヤ改正が行われます。この改正に合わせ夜行列車関連では急行「ちくま」が臨時列車化され多客期のみの運転となります。この改正から小郡駅が新山口駅に改称し、のぞみ停車駅となります。東海道新幹線ではひかり中心からのぞみ中心のダイヤに修正されます。また、在来線でもマリンライナーに新型車両導入などダイヤ改正が行われます。加越がしらさぎに名称に統一されます。鳥取地区では高速化事業の完成により「スーパーまつかぜ」と新たな名称が与えられ増発されます。また、「いなば」が新型車両導入により「スーパーいなば」となり増発されます。特急「あいづ」「ホリデーあいづ」が快速化され「あいづライナー」となります。

2002年12月1日改正において昭和39(1964)年10月1日ダイヤ改正以来東北路を38年間走り続けた「はくつる」が東北新幹線八戸延伸に伴い廃止されることとなりました。上野－青森間東北本線を走り続けご苦労様でした。東北路の新たなる時代が到来致します。夜行列車関連では「アルプス」も廃止されます。なお東北新幹線盛岡－八戸延伸に伴い「北斗星」「カシオペア」はIGRいわて銀河鉄道・青い森鉄道を経由して走行されることになり運賃・料金が改定されます。上野－札幌間はB寝台利用でお一人様片道25,270円となります。

青森発2002年9月30日～2002年11月30日および上野発2002年10月1日～2002年11月30日の「あけぼの」に「レディースゴロンとシート」が導入されます。「ゴロンとシート」の女性専用版です。現行の女性専用車に変わり「レディースゴロンとシート」が導入されます。寝台には毛布、シーツ、枕、浴衣、スリッパ等のサービスがありません。そのかわり指定席特急料金で乗車できます。

なお、以後も設定は継続されました。

ゴロンとシート登場

青森発2002年1月15日～2002年4月25日および上野発2002年1月16日～2002年4月26日の「あけぼの」「はくつる」に「ゴロンとシート」が導入されます。「ゴロンとシート」は毛布、シーツ、枕、浴衣、スリッパ等のサービスをなくし指定席特急料金で乗車できます。（ゴロンとシートは混雑期を除き5月以降も継続されています。）

01/07/01 ダイヤ改正において昼行のおおぞら号が全て「スーパーおおぞら」号になります。それに伴い、札幌－釧路間の夜行列車は「まりも」号に変更されます。「まりも」号は01/06/30～01/09/30間の金曜・土曜日および01/07/19～01/08/18の毎日は札幌発は釧路－根室間延長運転されます（根室発は翌日）。また、01/06/30および01/07/06の札幌発（根室発は翌日）は「北斗星まりも」号として北斗星に使用される車両で運転されます。なお、根室延長運転の日は釧路－根室間は快速列車として運転されます。

根室行きの釧路－根室間は３号車が自由席、札幌行きの根室－釧路間は８号車が自由席となります。
SA1はロイヤル。B1はソロ。B2はデュエット。

2000/03/11 ダイヤ改正において佐世保発着のあかつき号が廃止されます。佐世保発着あかつき号廃止に伴って、「あかつき」号は京都－長崎間の列車のみとなり、京都－門司間は「彗星」号と併結されることになります。「あかつき」「彗星」併結に伴って、彗星号は新大阪発着から京都発着に変更されます。佐世保発着あかつき号に連結されていたＢ寝台個室「ソロ」は彗星号に連結されます。
札幌－稚内間を運行していた急行利尻が札幌－稚内間に特急スーパー宗谷号の登場と併せて特急利尻号に変更されます。
その他、山陽新幹線新大阪－博多間にひかりRail Starが登場し、最高速度285km/hで運転されます。また、東海道・山陽新幹線では食堂車の営業が無くなります。

1998/12/04 ダイヤ改正において佐世保発着のさくらが廃止されます。佐世保発着さくら廃止に伴って、「さくら」号は東京－長崎間の列車のみとなり、東京－鳥栖間は東京－熊本を結ぶ「はやぶさ」号と併結されることになります。いままで連結されていたＡ寝台、食堂車は無くなり、Ｂ寝台個室「ソロ」がはやぶさ号に変わってさくら号に連結されます。東京－長崎間にはＢ寝台個室ソロが、はやぶさ号の東京－熊本間にはＡ寝台個室「シングルデラックス」が連結されます。併せて、東京－大分を結ぶ「富士」の個室車両連結位置が変更になります。
その他、山形新幹線が山形－新庄間延長されます。

1998/10/02 ダイヤ改正において大阪－出雲市間を結ぶ急行だいせんがディーゼル車両に変更となりＢ寝台の連結がなくなります。また、運行区間が縮小され大阪－米子間に変更となります。

1998/03/13 ダイヤ改正に西日本を中心にダイヤ改正が行われます。

　東海道・山陽新幹線に７００系のぞみが誕生します。山陽新幹線においては最高時速２８５キロで東京と博多間を４時間５７分で走ることになります。５００系のぞみの最高速度３００キロには及ばないものの新型車両が導入され、到着時間が短縮される列車が増えます。７００系導入と同時に５００系のぞみは２時間間隔で運転されます。また、小郡－新下関間に厚狭駅が開業します。
その他、長崎－佐世保間に特急シーボルトが２往復登場とゆふいんの森に新型車両が導入されます。

1998/10/03 あかつきにシングルＤＸ、ツイン、シングルツインが追加されます。

　京都と長崎、佐世保を結ぶ「あかつき」に個室が増えます。7/10改正前に出雲２／３号に連結されていたシングルＤＸとツイン、シングルツインが長崎発着の編成に登場します。現在、長崎発着の編成に連結されているソロは佐世保編成に連結されることになります。編成などは時刻表の９月号のダイヤ改正情報や１０月号で確認して下さい。

　その他、５００系のぞみが東京－博多間２往復増加します。

1998/07/10 サンライズエクスプレスが登場することによりダイヤ改正が行われます。

　現在、の「瀬戸」と「出雲」一往復が「サンライズ瀬戸」「サンライズ出雲」として生まれ変わります。サンライズエクスプレスには新型の寝台特急電車が使用されます。個室主体でほとんどが一人用のシングル。その他にシングルＤＸ、シングルツイン、ソロ
と二人用のサンライズツイン。グループ向けの「のびのび座席」があります。これはカーペット床となっていて料金も指定席特急料金と運賃のみで乗れるという破格の値段を提供してくれています。

時刻は東京発２２：００、高松着７：２７、出雲市着９：５９。出雲市発１９：０６、高松発２１：２６、東京着７：１２となり高松発着が「サンライズ瀬戸」、出雲市発着が「サンライズ出雲」で、東京と岡山の間は併結されて運転されます。
この改正に合わせて東京－浜田市を結んでいる「出雲」号は東京－出雲市間に運転区間が縮小されます。時刻は東京発２１：１０、出雲市着１０：４６。出雲市発１７：３３、東京着６：５７となります。
また、「サンライズ瀬戸」・「サンライズ出雲」登場により四国・西日本で時刻変更が行われます。その他の路線でも変更される可能性があるので利用の際は時刻表６月号・７月号で確認して下さい。
「富士」「はやぶさ」に続いて寂しい話題ですが、東京を５０分遅くでる「サンライズ出雲」が出雲市には「出雲」より先に到着します。

瀬戸・出雲２・３号がサンライズエクスプレスに置き換えられますが、これらの車両は「日本海」と「あかつき」へ転用されるとのこと。ただ、どういう形で置き換えられるかは不明です。